O bandeirante Gaspar Vaz foi o descobridor e fundador de Mogi das Cruzes no ano de 1560, já o bandeirante Braz Cubas, foi o desbravador. Gaspar Vaz abriu o primeiro caminho de acesso à São Paulo, dando início ao povoado, que foi elevado à Vila em 17 de agosto de 1611, com o nome de Vila de Sant´anna de Mogi Mirim. A oficialização ocorreu em 1º de setembro, dia em se comemora o aniversário da cidade.
Antes da fundação da cidade, o Bandeirante Braz Cubas havia se embrenhado pelas matas do território mogiano, às margens do Rio Anhembi, hoje Tietê – o maior rio do estado de São Paulo a procura de ouro.
Mogi é uma alteração de Boigy que, por sua vez, vem de M´Boigy, o que significa “Rio das Cobras, denominação que os índios davam a um trecho do Rio Tietê. Quando a vila foi criada em, 1611, devido ao costume de adotar o nome do padroeiro, passou a ser denominada “Sant´Anna de Mogy Mirim”.
Na língua indígena, Mirim quer dizer pequeno. Provavelmente uma referência ao riacho Mogi Mirim.
A linguagem popular tratou de acrescentar o termo “cruzes” ao nome oficial da Vila. Era costume dos povoadores sinalizar com cruzes os marcos que indicavam os limites da Vila, de acordo com a tese de Dom Duarte Leopoldo e Silva confirmada pelo historiador e professor Jurandyr Ferraz de Campos.
Mogi das cruzes tem sua bandeira, oficializada por Lei Municipal nº. 804 de 29 de novembro de 1956. A bandeira de Mogi das Cruzes tem três faixas horizontais, sendo a de cima de cor preta, a do meio branca e a de baixo vermelha.
Elas representam à população de que se formou o município. Através das três raças: branca, negra e vermelha (índios). As faixas preta e vermelha tem cada uma 1/4 do total e a do meio tem 2/4, por ter sido maior à contribuição da raça branca.
No canto esquerdo, um triângulo de lados iguais com o vértice voltado para a direita e representando a Santíssima Trindade e, por extensão, Sant´Anna, padroeira da cidade. Esse triângulo de cor azul, simbolizando o nosso céu, tem uma estrela dourada em cada um de seus três ângulos, lembrando a expansão dos bandeirantes no sentidos norte, noroeste e sudoeste.
Ainda sobre o triângulo, mais à direita o brasão da cidade e à esquerda uma cobra fumando, lembrança da participação dos mogianos na Força Expedicionária Brasileira da 2ª Grande Guerra, participação essa que foi a maior dentre todas as cidades do interior do Brasil.